آموزش روش های تست در برنامه نویسی بایوپایتون

آموزش روش های تست در برنامه نویسی بایوپایتون

در این درس از آموزش های برنامه نویسی سایت سورس باران، ما در مورد آموزش روش های تست در برنامه نویسی بایوپایتون بحث خواهیم کرد.

پیشنهاد ویژه : پکیج آموزش طراحی وب سایت با پایتون

بایوپایتون دارای اسکریپت آزمایشی گسترده ای برای تست نرم افزار تحت شرایط مختلف است تا مطمئن شوید که این نرم افزار بدون اشکال نیست. برای اجرای اسکریپت تست، کد منبع بایوپایتون را دانلود کنید و سپس دستور زیر را اجرا کنید:

python run_tests.py

این اسکریپت های تست را اجرا می کند و خروجی زیر را می دهد:

Python version: 2.7.12 (v2.7.12:d33e0cf91556, Jun 26 2016, 12:10:39) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] 
Operating system: posix darwin 
test_Ace ... ok 
test_Affy ... ok 
test_AlignIO ... ok 
test_AlignIO_ClustalIO ... ok 
test_AlignIO_EmbossIO ... ok 
test_AlignIO_FastaIO ... ok 
test_AlignIO_MauveIO ... ok 
test_AlignIO_PhylipIO ... ok 
test_AlignIO_convert ... ok 
........................................... 
...........................................

ما همچنین می توانیم اسکریپت تست جداگانه را به شرح زیر اجرا کنیم

test python_AlignIO.py

نتیجه گیری

همانطور که یاد گرفتیم، بایوپایتون یکی از مهمترین نرم افزارها در زمینه بیوانفورماتیک است.  پایتون این قابلیت گسترده ای را برای مقابله با هرگونه محاسبه و عملکرد در زمینه بیوانفورماتیک فراهم می کند. همچنین این نرم افزار رابط کاربری آسان و انعطاف پذیری تقریباً برای همه نرم افزارهای معروف بیوانفورماتیک فراهم می کند تا از قابلیت های آن نیز بهره برداری کند.

منبع.

لیست جلسات قبل آموزش برنامه نویسی بایوپایتون

1. آموزش برنامه نویسی بایوپایتون (Biopython)
2. معرفی برنامه نویسی بایوپایتون
3. آموزش نصب بایوپایتون
4. ایجاد یک برنامه ساده در برنامه نویسی بایوپایتون
5. آموزش دنباله در برنامه نویسی بایوپایتون
6. عملیات توالی پیشرفته در برنامه نویسی بایوپایتون
7. آموزش توالی ورودی/خروجی در برنامه نویسی بایوپایتون
8.  آموزش هم‌ترازسازی توالی در برنامه نویسی بایوپایتون
9. بررسی اجمالی BLAST در برنامه نویسی بایوپایتون
10. بررسی پایگاه داده Entrez در برنامه نویسی بایوپایتون
11. آموزش ماژول PDB در برنامه نویسی بایوپایتون
12. آموزش اشیا موتیف در برنامه نویسی بایوپایتون
13. آموزش ماژول BioSQL در برنامه نویسی بایوپایتون
14. آموزش ژنتیک جمعیت در برنامه نویسی بایوپایتون
15. آموزش آنالیز ژنوم در برنامه نویسی بایوپایتون
16. آموزش ریزآرایه فنوتیپ در برنامه نویسی بایوپایتون
17. آموزش رسم نمودار در برنامه نویسی بایوپایتون
18. آموزش تجزیه و تحلیل خوشه ای در برنامه نویسی بایوپایتون
19. یادگیری ماشین در برنامه نویسی بایوپایتون